二氧化碳培養箱中的主要污染源：細菌、真菌（霉菌和酵母菌）、病毒、支原體、非同種細胞。
對于細胞來說，理想的培養環境同樣也適合這些污染物的生存，培養箱本身是不會辨別的，而細胞培養中大部分時間里細胞都是位于培養箱內，因此箱體內能否抑菌或滅菌關鍵！
細菌：細菌污染后，培養基1-2天就會變色，對細胞生長影響明顯，應迅速將污染細胞與其它細胞系隔離，滅菌后丟棄，還要用實驗室消毒劑消毒培養器皿和超凈臺。
病毒：由于病毒寄生生存，爆發后盡快和正常細胞隔離，丟棄處理，相對來說容易處理，對操作者威脅較大；盡管病毒污染的細胞不影響原代培養，但生產疫苗是不安全的。因此，潛在病毒是細胞大量生產和疫苗、干擾素等生物制品制作中的難題。
真菌（霉菌和酵母菌）：真菌生長的比較慢，不象細菌那么容易被發現，但是一旦發現有它的存在細胞就被污染了；目前沒有好的抑制方法，包括現在常用的兩性霉素，一旦污染容易反復爆發，尤其孢子很難殺滅。
支原體：支原體污染后，因為它們不會使細胞死亡可以與細胞長期共存，培養基一般不發生渾濁，細胞無明顯變化，外觀上給人以正常感覺，實則細胞已經受到多方面潛在影響，如引起細胞變形，影響DNA合成，抑制細胞生長等，往往被大多數實驗者忽視。
非同種細胞：即細胞交叉污染，由于細胞培養操作時各細胞株所需的器材和溶液沒有嚴格分開，往往會使一種細胞被另一種細胞污染。目前，世界上已有幾十種細胞都被HeLa細胞所污染，致使許多實驗宣告無效。
因此，以上污染一旦發生，細胞*后基本只能丟棄，實驗無法挽救，對于許多取樣困難的實驗損失無法估量！
目前，二氧化碳培養箱的滅菌技術主要有干熱、濕熱、紫外燈照射、消毒劑擦拭等。
高溫干熱空氣滅菌是目前的*有效的滅菌技術，能消滅所有微生物污染源（包括耐高溫的芽孢桿菌）；濕熱滅菌通常用于高壓蒸汽滅菌中，比較少用在CO2培養箱上，濕熱滅菌在常壓下又叫煮沸法，煮沸的水溫一般至少需為100℃，細菌繁殖體煮沸5分鐘被殺死，但芽胞常需煮沸2小時以上才可被殺死；紫外燈照射法的有效性受很多因素影響，如遮擋、時間、強度、照射距離，濕度等，滅菌效果很難保證；消毒劑擦拭法是對表面滅菌的方法，適合于平整的表面如實驗臺面，而箱體內部設計的死角、各種器件因無法擦拭等因素導致滅菌效果也很有限，而且含氯、碘的消毒劑對于不銹鋼有腐蝕作用，不能對不銹鋼箱體進行擦拭滅菌。
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